Su preocupación por los débiles se plasmó en el Hogar 2000

Francisco Álvarez atendió en Toledo de modo especial la Cáritas diocesana, impulsando la creación del Hogar 2000 para atención y asistencia de enfermos de sida. El Hogar es gestionado por Cáritas Diocesana de Toledo para dar respuesta sanitaria y de cuidados paliativos a personas en situación de alto riesgo de exclusión social por su patología. Cinco años después de la iniciativa de Álvarez Martínez fue inaugurado por su sucesor, Antonio Cañizares Llovera.

Este centro cuenta en la actualidad con 27 plazas residenciales, bajo un acuerdo con la Fundación Sociosanitaria de Castilla-La Mancha, cubriendo necesidades de alojamiento, manutención, cuidados sanitarios y atención social, psicológica y terapéutica durante los 365 días del año las 24 horas de enfermos de SIDA y de salud mental.

Y también en Toledo, preocupado por fomentar una pastoral adaptada a los tiempos, Francisco Álvarez Martínez promovió la creación de la revista Toletana en 1999.

Además, en Toledo reorganizó la administración diocesana, con la creación de las vicarías territoriales y reconfiguración de la Curia, alentó el apostolado seglar con la potenciación de la Acción Católica y continuó el desarrollo de los medios de comunicación eclesiales con la creación del Canal Diocesano de televisión en 1997.